A Microsoft chegou a conclusão que o experimento com o formato project.json falhou e voltará a utilizar os arquivos .csproj. Contudo, isso não acontecerá de imediato e o recém lançado .NET Core RC2 (também conhecido como tooling preview 1) continuará utilizando uma combinação de .xproj e project.json.
A começar pelo .NET Core RTM/tooling preview 2, o Visual Studio irá renomear automaticamente arquivos .xproj para .csproj. Porém, a funcionalidade do formato project.json não mudará ainda.
Após o preview 2, a Microsoft começará a trabalhar na migração das funcionalidades do formato project.json para csproj. Parte disso exigirá somente atualizar o Visual Studio. Por exemplo, o .csproj já suporta wildcards, mesmo o Visual Studio insistindo em adicionar arquivos um à um. Já outras funcionalidades do project.json podem exigir um trabalho significativo para integração ao .csproj.
Ao fim desse processo, o formato project.json deverá existir somente como uma alternativa ao arquivo packages.config do NuGet. Se isso acontecer, ele provavelmente será renomeado para nuget.json.
MSBuild
Para quem não conhece, os arquivos .csproj são apenas versões especializadas de scripts .msbuild. Isso significa que o MSBuild precisará estar disponível onde o .NET Core executar.
A longo prazo, a Microsoft está procurando adicionar a funcionalidade do NuGet diretamente ao MSBuild. (Atualmente o MSBuild depende de extensões para acessar o NuGet.)