Mono for Androidのもっとも大きなデメリットは，Androidが想定しているものとはまったく異なるランタイムであるMono上でプログラミングしなければならないことだ。CLRの機能をすべて活用できるというメリットは確かにあるが，CLRコールとAndroidのDalvikランタイム間に必要なマーシャリング処理のコストは小さくない。それならばILコードをスキップして，直接dexコードを生成するようにしたらどうだろう？
実を言うと，この説明には少し誇張がある。dot42 コンパイラはILをスキップしている訳ではない。ILコードを読み込んで，RLまたはRegister Languageと呼ばれる別の言語に変換しているのだ。ILとRLのおもな違いとしては，ILがスタックベース(Javaのバイトコードにやや近い)であるのに対して，RLがレジスタを主体としている点がある。RLに変換された後は，一連の最適化が実行され，最終的なコードに再びコンパイルされる。この最後のコンパイル処理によって，AndroidのDalvikランタイム用のdexコードが生成されるのだ。
.NET独自のデバッグ情報は，それぞれの処理ステップを通じて維持されている。ただし，当然ながらWindows/.NETのPDB形式からdexのデバッグ情報形式への変換は必要だ。dot42では，Visual Studioのデバッグ機能への接続手段として，Android Debug Bridgeを使用する。
Androidのライブラリには，直接JARファイルを参照してアクセスする。"コンパイル後のライブラリコールは，Android自体のライブラリコールにリダイレクトされます。" タイプ間のマッピングが必要な部分も一部あるが，大半はコンパイラによって処理される。例えば java.lang.Boolean はC#の Nullable<bool> にマップされる。
dot42がdexコードを出力することによって，使用できなくなるC#の機能もいくつかある。中でも注意が必要なのはユーザ定義の値型，すなわち構造体が使用できないことだ。Daｌvikには存在しないものであるため，これをマップする手段はない。
dot42を使用すると，C#とAndroid，どちらの共通データ構造を使うかを決めなければならないことが多々あるだろう。.NETの List<T> と Javaの ArrayList<T>のどちらを使えばよいのか，というようにである。Ewout Prangsma氏によれば，メモリ使用量やダウンロードサイズに懸念がある場合は，Javaのデータ構造を使った方がよい。dot42の List<T> の実装は，基本的には ArrayList<T> に薄いラッパを被せたものに過ぎないが，それでも余分なコードをパックして，デバイスに転送する必要があることに変わりない。
dot42は有償のソフトウェア製品である。価格は通常のバルクライセンスオプションで，開発者あたり499ユーロからとなっている。