モジュールシステムへの継続的な移行の一環として，CORBAを始めとする一部のJava EEモジュールがJava 9以降，デフォルトのクラスパスに含まれなくなる。ディストリビューションには引き続きデフォルトで同梱されるが，開発者がそれを使用する場合は，コマンドラインフラグによる明示的な指定が必要だ。モジュール対応のアプリケーションは必要なモジュールを明示的に指定しなければならないので，この変更の影響を受けるのは，Java 9をターゲットとする非モジュールアプリケーションに限られる。
“The State of the Module System”で説明されているように，Java 9で追加されるモジュール機能は，開発者がすぐに使用を強いられるものではなく，後方互換性のためのオプションがいくつか提供されている。その中のひとつが，従来の非モジュールコードをJava 9でコンパイル可能にするオプションだ。これを実現するため，コンパイラは，非モジュール化コードを”無名モジュール”と呼ばれる特殊なモジュールに追加する。このモジュールにはデフォルトですべてのパッケージが含まれており，明示的な依存関係は存在しない。
残念なことに，無名モジュールが明示的な依存関係を持たないという事実が，モジュール解決においては問題となる。モジュール化されたJavaアプリケーションでは，コンパイルされたモジュールは，必要な依存関係を明示したリストを保持している。コンパイラはこの情報と，依存対象の依存関係とを合わせて，コンパイルされたモジュールが直接的ないし間接的に必要とする全モジュールの推移閉包(transitive-closure)を含むグラフを計算する。無名モジュールにはこの依存関係が示されていないため，モジュールグラフを計算する上でのルートとして使用できないのだ。
この問題を解決するため，Java 9では，コードが無名モジュールにコンパイルされる場合に，ルートモジュールとしていくつかのデフォルト値を用いる必要がある。最新の変更では，このデフォルトルートモジュールがjava.se.eeからjava.seに変更された。これによって，すべてのJava EEの拡張機能がデフォルトでは使用できなくなったが，独自のJava EEパッケージ実装を備えたアプリケーションサーバでの衝突を避けるためには有効だ。
Java 9へのマイグレーションは実施したいが，モジュールシステム対応のためにアプリケーションを書き直す予定はない，という場合は，
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